Mauchen wird 1147 als „Muchheim“ erstmals urkundlich erwähnt. Papst
Lucius II. nimmt 1185 das Kloster St. Trudpert in den päpstlichen Schutz und bestätigt die Besitzungen des Klosters in Mauchen. Bereits 1147 wird in Mauchen Weinbau bekundet. Er spielt auch heute noch eine vorherrschende Rolle. Lehensherren waren zeitweilig die Herrenvon Üsenberg, die wegen finanzieller Schwierigkeiten Mauchen sowie Schliengen und Steinenstadt 1238 an den Ritter Schaler, Schultheiß zu Basel, verkaufen mussten. Dieser veräußerte das Lehen an Ritter Jakob von Neuenfels, Schultheiß zu Neuenburg. 1343 befindet sich Mauchen wieder im Besitz des Fürstbischofs von Basel. Er besaß in Mauchen zehn achtbare Güter, die alle als Erblehen weitergegeben wurden. Güter mit Reben besaßen in Mauchen auch die Klöster St. Blasien, St. Peter imSchwarzwald, St. Urban, Kanton Luzern sowie Adelhausen bei Freiburg. Ab 1343 teilte der Ort das Schicksal mit der Nachbargemeinde Schliengen.1802 kam Mauchen wie alle rechtsrheinischen Besitzungen des Fürstbischofs von Basel an Baden, das nachmalige Großherzogtum.
